D.Y.M.M Tuanku Ja’afar dilantik menjadi Canselor Universiti Kebangsaan Malaysia pada 16 April 1976. Beliau telah dilantik dan memegang jawatan Canselor selama 32 tahun. Baginda sangat aktif dalam pelbagai program akademik dan sukan universiti serta bekerjasama dengan warga universiti dengan baik. Semasa kepimipinan baginda, telah diadakan sebuah memorandum antara Persatuan Kriket Melayu Malaysia antara Universiti Kebangsaan Malaysia bagi menaik taraf mutu sukan kriket UKM dan mengasah bakat-bakat muda yang berkebolehan.

Selain itu, pelbagai kemajuan telah dijalankan di Kampus UKM Bangi dan HUKM Cheras untuk menaiktaraf prasarana untuk kemudahan pelajar dan pengguna.